12月22日，傅斯年遗体大殓，自早晨7时起，前来吊唁者越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者、名流、国民党军政大员、傅斯年的亲友、同事和台湾大学的学生。国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台，与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞的道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡在后来回忆自己采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”

　　12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”挽章，国民党高级官员、名人学者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达270余副，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。

　　“中央研究院”历史语言研究所同仁的挽联：

　　廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；

　　五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。

　　台湾大学全体师生的挽联：

　　早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；

　　忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。

　　国民党大佬于右任挽联：

　　是子路，是颜回，是天下强者；

　　为自由，为正义，为时代青年。

　　蒋梦麟挽联：

　　学府痛师道，举国惜天才。

　　蒋介石于12月22日发唁函致俞大綵夫人。12月30日又频布褒奖令。傅氏身后可谓备极哀荣。

　　台湾大学为纪念傅校长开创台大一代风气的功绩，按照美国维吉尼亚大学为杰弗逊（Thomas Jefferson）专门在园内建造陵墓的成例，特在台大实验植物园内划出一块地建造罗马式纪念亭，亭中砌长方形墓一座，同时按中国传统，墓前立无字碑一座，设纪念亭，另有喷水池搭配，形成独特的景观。1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，举行安葬仪式。典礼由继任校长钱思亮主持，俞大綵亲手将傅斯年的骨灰安置在大理石墓椁中。现场有2000余人观礼，气氛庄严肃穆。自此，此处被称为“傅园”，墓亭定名“斯年堂”，与周围景致浑然一体，蔚为壮观。兵工署特别捐赠一座纪念钟，钟上铸有傅斯年提出的“敦品励学，爱国爱人”八字校训。后来，这座钟架设在行政大楼前的水池和椰林大道之间，名为“傅钟”，成为台大精神的象征。

　　傅斯年溘然长逝，远在美国的胡适闻迅，立即给俞大綵发来唁电：“孟真的去世使中国失去了一位最有天才的爱国者，我自己则失去了最好的朋友、诤友与保护人。……”