公元13世纪，元朝统一了西藏，西藏纳入祖国的版图，结束了西藏社会长达400年的分裂状态，西藏社会也进人了封建农奴制，同时产生了“政教合一”的萌芽，西藏比较稳定的社会一直保持到18世纪。西藏人口开始向奴隶社会、封建社会所特有的高出生率、高死亡率、低自然增长率的再生产状态恢复，这一时期，西藏人口有了较高速度的发展，年均人口增长率达0.082%。但在元朝统一西藏初期，西藏人口发展也仍是简单再生产状态。

据《汉藏史集》记载，元朝在西藏进行了人口调查。13世纪初，于1260年、1268年和1287年，先后三次派人在西藏的卫、藏地区进行户口清查，设立了“十三万户”。当时蒙古人的户口清查，实际上仅限于卫、藏地区，且不包括萨迩和不隶万户、千户的佰巴、单巴等贵族所属民户，也不包括喇嘛人数，至于西部的纳里速古鲁孙（即阿里地区）、南方的门域、珞域和东部的昌都地区，则不在清查范围之内。此次人口大清查是一次较全面的人口调查，其结果归纳如下：阿里三围（令阿里南部）基本民户0.34万户，计2.04万人；藏、乌思（一江两河中部流域）有基本民户3.76万户，计22.55万人，另全藏有僧人约7万人。（以上所得户数是“基本民户”，应指按清查标准折合成为6口之家，在另一些史料中也使用了“农牧两种民户”的称谓。）此外阿里地区北部、那曲地区西部自然条件极差，都是以牧业为主的地区，故考虑这里有2万人是可以接受的。藏、乌思地区按清查人数的比例分7万僧人中的6.42万人归人，应为28.97万人，实际人口数应略多于此数，但不会相差大多。对于那曲地区，门、路域地区，昌都地区的人口，考虑到昌都地区，那曲地区与外省区相连，除受战乱之苦外，在吐蕃大势已去的情况下，人口必然外流；那曲地区6世纪时人口约5万人，7世纪时人口15万人，估计13世纪时人口约10万人；门、路域地区是吐蕃的流放地，受战乱影响稍小，保持7世纪的人口数是可能的，约10万人；对于昌都地区，六、七世纪人口20万人，清朝时人口16.5万人，故13世纪元朝时估计不过10万人。综上，13世纪西藏人口略多于63.57万人。

由公元7世纪到13世纪，这一时期，西藏社会由奴隶制社会的建立，到奴隶制社会的灭亡，再进入封建农奴制社会阶段；其人口经历了大起大落，人口数由361万人降到64万人，减少82.27%，年均减少0.3%，这是西藏历史上人口继反常高速增长后又一次反常的锐减，这一现象同西藏历史上的特殊性是一致的。西藏的奴隶制社会的建立，是以掠夺奴隶成为其人口增长为特征，而自然增长是次要的；西藏奴隶制社会的灭亡又是以战争为主要原因，这一时期又遇到了自然灾害，社会大动荡、战争、灾害、瘟疫给人类带来的灾难性的结果，从而造成了人口锐减。同时，又因掠夺奴隶形成的人口过剩，其解决办法是采取外迁。所以人口外迁成为西藏人口大落的第二个原因。

元朝在西藏奠基的政教合一制度，经元、明到清朝更加完善，在五百年的过程中，由八思巴开创的萨迦政权，经帕莫主巴政权、藏巴政权、固始汉政权到达赖、班禅的格鲁派管理西藏的政教事务，这期间中国封建统治者虽经更叠，西藏政教代理者也经变换，但西藏“政教合一”制度一直在完善发展中，西藏的封建农奴制社会没有变。这个时期西藏人口呈现缓慢的增长趋势。18世纪西藏人口约94.47万人，与13世纪相比增加30.88万人，增长48.56%，年均增长0.08%。这时西藏喇嘛至少占总人口的33.48%，即1/3还要多。据魏源《圣武记⋅西藏后记》载，乾隆2年（1737年）理藩院造极西藏达赖、班禅所辖地区，共有喇嘛31.62万人以上，百姓有12.80万多户，合计约92.90万多人，加上阿里地区和马步兵立，西藏（不含今昌都地区）共有人口约109.30万多人；而据《修正民国元年内务部汇造宣统年间民政部调查户口统计表》载，此时西藏（卫、藏及阿里）总人口也只有116.00万人。经过170年的漫长岁月，西藏人口仅增长了9.7万人，年均增长速度几近为零。从18世纪到和平解放前年均人口增长率仅为0.049%；200多年的时间里，人口仅增加10万多人，增长11.15%，年均增长速度比前一个时期降低了将近一半；这个期间没有出现比前一时期严重的社会动荡和自然灾害，但这个时期，在西藏人口构成中，格鲁派出家的喇嘛占西藏人口的1/3还多，而格鲁派的教规是喇嘛不得娶妻和从事生产劳动，这一方面加重了西藏劳动人民的经济负担，使人们更加贫困；另一方面直接降低了参与人类自身生产的人数；使死亡率有所提高，而出生率却出现了大幅度的不正常的下降，这就造成了死亡率比前一个时期有所提高，出生率比前一个时期有较大的下降，人口自然增长率几乎降到了零。